エックスサーバーで運用しているサイトを同じくエックスサーバーの別サーバに移行する手順を解説しています。
エックスサーバー同士でドメイン移管をしたいという場合はこちら
エックスサーバーのFAQには以下のようにあります。
エックスサーバーでは仕様上、すでにいずれかのサーバーIDで運用中のドメイン名を他のサーバーIDに重複して設定することができません。
なのでエックスサーバー内の別サーバに移行したい場合は、現サーバのドメインを一旦削除してから移行したいサーバに追加しなくてはいけないとのことです。
1.現サーバの情報をバックアップする
現サーバーのデータを全てバックアップします。
HPデータのバックアップ
移行したいドメインのホームページデータをFTPでダウンロードするか、エックスサーバーのサーバーパネルから手動でダウンロードします。

データベースのバックアップ
データベースを利用している場合は、データベースもバックアップします。データベースのバックアップもエックスサーバのサーバーパネルからダウンロードできます。

PHPの設定確認
エックスサーバーでは複数のバージョンのPHPを利用できます。phpを利用している場合は、PHPのバージョン、php.iniの設定内容を確認、控えておきます。
エックスサーバー・サーバーパネル > PHP > PHPバージョン切り替え、php.ini設定
メールアカウント設定確認
利用しているメールアカウントを確認、控えます。メールの転送先を設定している場合はその情報も控えます。
2.現サーバからドメインを削除する
ドメインの情報を全てバックアップしたら、ドメインを削除します。
エックスサーバー・サーバーパネル > ドメイン設定

3.移行先サーバにドメインを追加する
エックスサーバー内の移行先サーバにドメインを追加します。移行したいサーバパネルにログインして、同じくドメイン設定からドメインを追加します。
エックスサーバー・サーバーパネル > ドメイン設定

4.移行先サーバにHPデータをアップする
移行先サーバにドメインを追加後、各種設定をします。
- FTPアカウントの設定
- PHPのバージョン、php.iniの設定
- HPデータのアップロード
- MySQLデータベース・ユーザーを設定
- MySQLのデータインポート(phpmyadminから)
- メールアカウントの追加
5.DNS反映を待つ
全ての設定が完了したら、新しいサーバへ切り替えが反映されるまで待ちます。
なお、ドメイン設定先サーバーの変更はDNSレコード情報の変更が伴うことから、移行元サーバーからのドメイン設定を削除後、移行先サーバーへのドメイン設定を追加し、設定が反映するまでの数時間から最大24時間において、ホームページやメールを利用することができません。
エックスサーバー内でのドメイン移行は、設定が反映されるまでの間、メールやHPが使えない時間が生じます。
エックスサーバーのマニュアルには、HP,メールが利用出来ない時間は「最大24時間」と記載されています。先日、上記手順でドメインをエックスサーバの別IDに移行したところ、10時間程でメールが利用できるようになりました。
このような手順でエックスサーバーでのサーバー移行が出来ました。でもエックスサーバー内でサーバー移行をする場合、どうしてもHP・メールが使えない時間帯が出てしまうのが痛いところですね。HP,メールを使えない期間をなくすためには一度エックスサーバ以外のサーバへ移行してから再度エックスサーバーへ移す、という手順になるのでしょうか。。。
よくある質問ドメインについてマルチドメイン設定方法
https://www.xserver.ne.jp/support/faq/faq_domain_multi_setting.php